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一、營業(yè)稅
納稅人在中華人民共和國境內(nèi)提供《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例》規(guī)定的應(yīng)稅勞務(wù)、轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)或者銷售不動(dòng)產(chǎn)的，為營業(yè)稅的納稅人，應(yīng)當(dāng)按照營業(yè)額和規(guī)定的稅率計(jì)算繳納營業(yè)稅。
醫(yī)院、診所和其他醫(yī)療機(jī)構(gòu)提供的醫(yī)療服務(wù)，免征營業(yè)稅。醫(yī)院、診所和其他醫(yī)療機(jī)構(gòu)提供的其他勞務(wù)如出租設(shè)備、房產(chǎn)、土地，轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)、銷售不動(dòng)產(chǎn)等依法應(yīng)當(dāng)繳納營業(yè)稅。
二、房產(chǎn)稅、土地使用稅
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1、非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)自用的房產(chǎn)、土地，免征房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅。
2、營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得的收入，直接用于改善醫(yī)療衛(wèi)生條件的，自其取得執(zhí)業(yè)登記之日起，三年內(nèi)給予下列優(yōu)惠：對營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)自用的房產(chǎn)、土地免征房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅。三年免稅期滿后恢復(fù)征稅。
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醫(yī)院、診所和其他醫(yī)療機(jī)構(gòu)出租的房產(chǎn)、土地，應(yīng)依法繳納房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅。以房產(chǎn)租金收入為房產(chǎn)稅的計(jì)稅依據(jù)，稅率為12％。土地使用稅以納稅人實(shí)際占用的土地面積為計(jì)稅依據(jù)，依照規(guī)定稅額計(jì)算征收。其實(shí)際占用土地的面積，按土地使用證書確認(rèn)的土地面積計(jì)算。
案例：某營利性醫(yī)院05年成立，其醫(yī)療服務(wù)收入已用于改善醫(yī)療衛(wèi)生條件，自有房產(chǎn)原值8000萬元。2009年將部分房產(chǎn)用于出租，房產(chǎn)原值900萬元，取得租金收入80萬元。該醫(yī)療機(jī)構(gòu)09年如何繳納房產(chǎn)稅？
分析：營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得的收入，直接用于改善醫(yī)療衛(wèi)生條件的，自其取得執(zhí)業(yè)登記之日起，3年內(nèi)可以免征房產(chǎn)稅。09年該醫(yī)療機(jī)構(gòu)免稅期已滿，應(yīng)按規(guī)定征收房產(chǎn)稅。
自用房產(chǎn)應(yīng)納房產(chǎn)稅額=（8000-900）×（1-30%）×1.2%=59.64萬元
出租房產(chǎn)應(yīng)納房產(chǎn)稅額=80×12%=9.6萬元
三、車船稅
根據(jù)《中華人民共和國車船稅暫行條例》及《江蘇省〈中華人民共和國車船稅暫行條例〉實(shí)施辦法》，在我省境內(nèi)，除依照《條例》規(guī)定免征車船稅的納稅人外，都應(yīng)當(dāng)依照規(guī)定繳納車船稅。所以，自2007年度起，醫(yī)療機(jī)構(gòu)自用車船不再享受免征車船稅政策。
《車船稅暫行條例》規(guī)定的免稅車船如下：
?。ㄒ唬┓菣C(jī)動(dòng)車船（不包括非機(jī)動(dòng)駁船）；
?。ǘ┩侠瓩C(jī)；
?。ㄈ┎稉啤B(yǎng)殖漁船；
?。ㄋ模┸婈?duì)、武警專用的車船；
?。ㄎ澹┚密嚧?；
?。┌凑沼嘘P(guān)規(guī)定已經(jīng)繳納船舶噸稅的船舶；
?。ㄆ撸┮勒瘴覈嘘P(guān)法律和我國締結(jié)或者參加的國際條約的規(guī)定應(yīng)當(dāng)予以免稅的外國駐華使館、領(lǐng)事館和國際組織駐華機(jī)構(gòu)及其有關(guān)人員的車船。
四、企業(yè)所得稅
凡經(jīng)國家有關(guān)部門批準(zhǔn)、依法注冊、登記的具有獨(dú)立法人資格的醫(yī)療機(jī)構(gòu)，其取得的生產(chǎn)經(jīng)營所得和其他所得，應(yīng)當(dāng)征收企業(yè)所得稅。醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)的收入，除國務(wù)院或財(cái)政部、國家稅務(wù)總局規(guī)定免征企業(yè)所得稅的項(xiàng)目外，其他一切收入都應(yīng)并入其應(yīng)納稅收入總額，依法計(jì)征企業(yè)所得稅。
醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得的應(yīng)納稅收入總額（包括租賃收入、財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓收入、培訓(xùn)收入、對外投資收入等非醫(yī)療服務(wù)收入），減去稅收政策規(guī)定允許扣除的與取得收入有關(guān)的成本、費(fèi)用、損失后的余額，為應(yīng)納稅所得額。對取得應(yīng)納稅收入有關(guān)的成本、費(fèi)用、損失與免納稅收入有關(guān)的成本、費(fèi)用、損失應(yīng)分別核算。確實(shí)難以劃分清楚的，可由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)采取分?jǐn)偙壤ɑ蚱渌侠淼姆椒ù_定。確實(shí)無法查賬的，可以實(shí)行核定征收方式。
免征企業(yè)所得稅的項(xiàng)目如下：
1、取得的符合《財(cái)政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于財(cái)政性資金 行政事業(yè)性收費(fèi) 政府性基金有關(guān)企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財(cái)稅[2008]151號）和《財(cái)政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于專項(xiàng)用途財(cái)政性資金有關(guān)企業(yè)所得稅處理問題的通知》（財(cái)稅[2009]87號）規(guī)定的財(cái)政性資金收入；
2、非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得的居民企業(yè)之間的股息、紅利等權(quán)益性投資收益；
3、非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得非營利組織免稅資格認(rèn)定后，對符合條件的非營利組織收入可以享受免稅收入的優(yōu)惠政策（《財(cái)政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于非營利組織企業(yè)所得稅免稅收入問題的通知》（財(cái)稅[2009]122號）。具體范圍如下：
(1)接受其他單位或者個(gè)人捐贈(zèng)的收入；
(2) 除《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第七條規(guī)定的財(cái)政撥款以外的其他政府補(bǔ)助收入，但不包括因政府購買服務(wù)取得的收入；
(3) 按照省級以上民政、財(cái)政部門規(guī)定收取的會(huì)費(fèi)；
(4)不征稅收入和免稅收入孳生的銀行存款利息收入；
(5) 財(cái)政部、國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他收入。
4、財(cái)政部、國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他免稅收入。
醫(yī)療機(jī)構(gòu)應(yīng)將與上述免稅收入的有關(guān)文件資料和證明材料，報(bào)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)核實(shí)備案。未經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)備案的，一律不得享受免征企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。
經(jīng)認(rèn)定為非營利組織的非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)除享受非營利組織企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠外，還可以享受《企業(yè)所得稅法》及其實(shí)施條例等稅收規(guī)范性文件規(guī)定的其他稅收優(yōu)惠政策。
有生產(chǎn)經(jīng)營所得和其他所得的醫(yī)療機(jī)構(gòu)，應(yīng)按照《稅收征收管理法》等的規(guī)定，按期進(jìn)行納稅申報(bào)并使用稅務(wù)發(fā)票，按規(guī)定可使用財(cái)政收據(jù)的除外。
案例：某非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)08年取得捐贈(zèng)收入50萬元，財(cái)政撥款100萬元，房屋租賃收入30萬元，財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓收入50萬元，培訓(xùn)收入10萬元。以上各項(xiàng)收入哪些應(yīng)作為應(yīng)納稅所得額？
分析：非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得財(cái)稅[2009]122號文件規(guī)定的各項(xiàng)收入可以作為免稅收入不征營業(yè)稅。捐贈(zèng)收入50萬元、財(cái)政撥款100萬元屬于此類，免征企業(yè)所得稅。
《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第八十五條規(guī)定，企業(yè)所得稅法所稱符合條件的非營利組織的收入，不包括非營利組織從事營利性活動(dòng)取得的收入，但國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門另有規(guī)定的除外。上述房屋租賃收入30萬元，財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓收入50萬元，培訓(xùn)收入10萬元屬于營利性活動(dòng)取得的收入，應(yīng)作為應(yīng)納稅所得額。
五、個(gè)人所得稅
?。ㄒ唬﹤€(gè)人經(jīng)政府有關(guān)部門批準(zhǔn)，取得執(zhí)照，以門診部、診所、衛(wèi)生所（室）、衛(wèi)生院、醫(yī)院等醫(yī)療機(jī)構(gòu)形式從事疾病診斷、治療及售藥等服務(wù)活動(dòng)，應(yīng)當(dāng)以該醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得的所得，作為個(gè)人的應(yīng)納稅所得，按照"個(gè)體工商戶的生產(chǎn)、經(jīng)營所得"應(yīng)稅項(xiàng)目繳納個(gè)人所得稅。
個(gè)人未經(jīng)政府有關(guān)部門批準(zhǔn)，自行連續(xù)從事醫(yī)療服務(wù)活動(dòng)，不管是否有經(jīng)營場所，其取得與醫(yī)療服務(wù)活動(dòng)相關(guān)的所得，按照"個(gè)體工商戶的生產(chǎn)、經(jīng)營所得"應(yīng)稅項(xiàng)目繳納個(gè)人所得稅。
(二) 個(gè)人因在醫(yī)療機(jī)構(gòu)（包括營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)和非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)）任職而取得的所得，依據(jù)《個(gè)人所得稅法》的規(guī)定，應(yīng)按照"工資、薪金所得"應(yīng)稅項(xiàng)目計(jì)征個(gè)人所得稅。
鄉(xiāng)村衛(wèi)生室（站）的醫(yī)務(wù)人員取得的所得，按照"工資、薪金所得"應(yīng)稅項(xiàng)目繳納個(gè)人所得稅。
?。ㄈ┦茚t(yī)療機(jī)構(gòu)臨時(shí)聘請坐堂門診及售藥，會(huì)診、主刀等，由該醫(yī)療機(jī)構(gòu)支付報(bào)酬，或收入與該醫(yī)療機(jī)構(gòu)按比例分成的人員，其取得的所得，按照"勞務(wù)報(bào)酬所得"應(yīng)稅項(xiàng)目繳納個(gè)人所得稅，以一個(gè)月內(nèi)取得的所得為一次，稅款由該醫(yī)療機(jī)構(gòu)代扣代繳。（《國家稅務(wù)總局關(guān)于個(gè)人從事醫(yī)療服務(wù)活動(dòng)征收個(gè)人所得稅問題的通知》國稅發(fā)[1997]178號）
常見問題解答
1、營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)能否免征營業(yè)稅？
答：根據(jù)《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例》第八條規(guī)定，醫(yī)院、診所和其他醫(yī)療機(jī)構(gòu)提供的醫(yī)療服務(wù)免征營業(yè)稅。
2、個(gè)人從非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得的收入，能否免征個(gè)人所得稅？
答：除《中華人民共和國個(gè)人所得稅法》第四條、第五條規(guī)定的減免稅項(xiàng)目外，個(gè)人從非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)取得的工資薪金、勞務(wù)報(bào)酬、利息股息紅利等所得均應(yīng)按規(guī)定繳納個(gè)人所得稅，應(yīng)分別按不同所得項(xiàng)目計(jì)算繳納個(gè)人所得稅，由支付所得的非營利醫(yī)療機(jī)構(gòu)代扣代繳。
3、個(gè)人開辦醫(yī)院、診所如何征收個(gè)人所得稅？
答：個(gè)人投資或個(gè)人合伙投資開設(shè)醫(yī)院（診所）而取得的收入，應(yīng)依據(jù)個(gè)人所得稅法規(guī)定，按照“個(gè)體工商戶的生產(chǎn)、經(jīng)營所得”應(yīng)稅項(xiàng)目計(jì)征個(gè)人所得稅。對殘疾人、轉(zhuǎn)業(yè)軍人、隨軍家屬和下崗職工等投資開設(shè)醫(yī)院（診所）而取得的收入，仍按現(xiàn)行相關(guān)政策執(zhí)行。
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